Contenu

• Aperçu du logiciel
• Types de fichiers pris en charge
• Extension de fichier primaire
• Autres extensions de fichier utilisées par Integrated Genome Browser 9

Version (au 29/06/2016)	9
Plateformes
Licence	Open source
Catégorie	Scientifique

Plus d'infos (visitez le site de l'éditeur)

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Aperçu du logiciel

Caractéristiques principales

• Prend en charge divers formats de génome tels que GenBank et FASTA
• Interagissez avec les données avec des animations de zoom et de panoramique
• Accéder aux génomes et les charger à partir des sites QuickLoad
• Transformer les données en diverses formes de graphique
• Partager des données avec des collaborateurs via Dropbox
• Installer des plugins pour des fonctionnalités supplémentaires

Integrated Genome Browser (IGB) est un programme open source utilisé pour afficher et explorer de grands ensembles de données génomiques. Vous pouvez afficher divers formats de données, interagir avec vos données, créer des graphiques, enregistrer vos informations sous forme d'images et partager vos données avec des collaborateurs.

IGB vous permet d'afficher des données d'annotations et de séquences alignées. Le programme prend en charge une variété de formats tels que FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband et GenBank. Vous pouvez prendre des données et les transformer en une variété de formes de graphiques, y compris des graphiques ne correspondant pas pour mettre en évidence les différences de données et des graphiques de profondeur pour montrer la couverture. Vous pouvez également interagir avec vos données via les animations de zoom et de panoramique d'IGB.

IGB vous permet d'accéder aux génomes et de les charger à partir de sites QuickLoad, qui sont de simples systèmes de répertoires, de séquences et d'autres fichiers de données à des fins de visualisation. IGB fournit des fonctionnalités avancées avec prise en charge de plug-in pour ajouter des fonctionnalités et une automatisation du flux de travail via l'utilisation de scripts. IGB vous offre également des fonctionnalités avancées pour le partage de vos données, qu'il s'agisse de les publier sous forme d'images JPEG, PNG ou SVG de haute qualité, ou de stocker des données dans Dropbox pour permettre à vos collaborateurs d'accéder à votre projet.

IGB est principalement utilisé par les chercheurs universitaires, les biologistes et les bioinformaticiens. Il fournit des outils avancés pour ouvrir une variété de formats de données génomiques, visualiser les données sous forme de différents graphiques et partager des données avec des collaborateurs. Malheureusement, le programme repose sur des subventions pour le développement continu, ce qui signifie que le soutien à la demande pourrait cesser à tout moment. Cependant, Integrated Genome Browser est toujours un programme performant et personnalisable destiné aux utilisateurs qui souhaitent explorer et analyser leurs données génomiques.

Types de fichiers pris en charge

Extension de fichier primaire

.XML - Fichier XML

Autres extensions de fichier utilisées par Integrated Genome Browser 9

Types de fichiers pris en charge
.LIT	Fichier de piste d'annotation UCSC BED
.DAS	Session d'analyse DeltaMaster
.FA	Fichier de séquence formaté FASTA
.FAS	Fichier de séquence FASTA
.FASTA	Fichier de séquence FASTA
.GB	Fichier de données GenBank
.SGR	Fichier de données sur le génome SGR
.USEQ	Fichier de données génomique USeq